(一) 辦公室

承擔省水文中心日常運轉和綜合協調。承擔公文處理、會務文秘、宣傳、保密、文書檔案、督查督辦、信訪、接待、車輛管理及省水文中心機關后勤保障、政府采購、固定資產實物管理與維修等工作。承擔全系統目標績效考核。

(二) 水文建設處

承擔規劃計劃工作，組織編制全省水文事業發展規劃和綜合規劃，參與編制水利專項規劃和組織水文專項規劃；承擔建設管理事務性工作，指導水文基礎設施建設、管理、驗收工作，指導地區水文中心固定資產管理工作，組織開展水文年報統計、行政事業單位資產統計等工作；組織安全生產工作，組織開展全省水文行業安全生產管理，指導隱患排查、風險識別及管控，制定安全生產相關制度并組織實施。

(三) 水文監測處

承擔指導全省水文水資源監測工作，組織實施地表水、地下水、墑情等監測；貫徹實施水文監測技術規范，承擔相關監測技術方案審核并監督實施，承擔水文監測成果質量檢查、監督工作；承擔水文測站的設立、調整、站點勘查的技術管理；指導全省水文水資源監測數據整編工作，承擔全省水文資料集中復審及水文年鑒匯編工作。指導開展新儀器新技術的比測率定及推廣使用工作。

(四) 水情預報處

承擔全省水文情報預報管理工作；組織編制全省水情工作發展規劃 組織開展水文情報預報技術研究；組織編制修訂水文預報方案；承擔全省報汛站網的規劃、調整和管理；承擔全省主要江河水文情報、預測、預報和預警等工作。

(五) 水質生態監測處(四川省水質監測中心)

組織開展全省主要江河湖庫、國家重點水質站、地下水水質監測；組織水質站網優化與調整；組織實施全省水質監測能力建設承擔全省水質監測技術管理；組織實施全省水質監測質量管理 組織全省水質監測資料復審；參與編制水文水資源信息；配合生態環境等相關部門開展環境保護工作。

(六) 水資源評價處

承擔四川省水資源(量) 調查與評價(含地下水)工作；開展水文水資源規律與趨勢研究工作；承擔四川省水資源公報編制工作承擔全省水資源管理(量)的技術支撐工作；參與主要江河流域與區域的水資源規劃。

(七) 水文科研處

組織全省水文科技與推廣工作；組織水文科技項目研究和水文重大技術攻關；承擔全省法制建設工作，宣傳和貫徹水利、水文相關法律法規、技術標準； 組織水文行業技術交流 負責期刊、?四川省水文水資源監測年報?編印。

(八) 水文資料管理與信息化處

承擔全省水文監測原始紙質資料、水文資料紙質整編成果的管理；承擔工程項目檔案、水文技術成果、技術標準規范、實用科技圖表等文獻資料檔案管理；承擔省水文中心水文資料庫及水文資料信息化系統的日常管理與安全維護；承擔四川水文信息化建設與網絡安全管理工作；承擔水文水資源信息化規劃；承擔水文水資源數據庫建設與管理。

(九) 量水設施設備計量檢測中心

承擔全省水文計量管理工作；承擔量水設施設備計量檢定技術工作；承擔水文測驗設施設備的檢定工作。

(十) 紀檢與審計處

承擔水文系統黨組織及黨員干部維護遵守黨章黨紀黨規情況的監督檢查、內部審計、黨風廉政建設教育等工作；受理處置檢舉舉報，受理黨員控告和申訴；按照干部管理權限， 對水文系統黨組織及黨員干部違反黨章和其他黨內法規的行為進行查處。

(十) 財務處

承擔中心日常財務管理工作 承擔部門預算 核算與決算 指導地區水文水資源勘測中心財務管理 預算 核算 決算工作  承擔資產核算的相關財務工作

(十二) 人事處

承擔全省水文系統在職干部人事管理、機構編制、工資工作；組織水文系統職稱評審與推薦、職工教育培訓、職業技能鑒定工作；指導地區水文中心人才隊伍建設。

(十三) 黨群工作處

承擔中心黨委履行黨建主體責任的日常工作；組織黨員政治理論學習和黨內集中學習教育；組織協調水文系統黨建工作，協助黨委落實意識形態工作責任制；承擔黨委會、中心組學習會的籌備及會務工作；承擔職工思想政治、精神文明建設和支部建設。負責工會、共青團、統戰等工作。

(十四) 退休人員服務處

承擔退休人員管理工作。